全名为阿格莱亚科学研究院。

科学院占地相当大，包括数十幢建筑在内。其占地面积约相当于现代的一座大学。

目前有四个固定的研究组（基因、机电、X物质、星际文明），共有三百多名研究员。

另外，当有特殊需要时，院长会指派成立一个临时研究组。（例如，在星海时代之前，人类的医疗手段已经发展到了相当高的程度，因此科学院内并没有常设医药研究组。但如果在今后出现了为止的病症，则院长会成立一个临时性的研究组，来有针对性地研究对策。）

院长

现任科学院的院长名叫李嘉图，外貌中性，紫色长发简单地束成笔直的马尾。没有人知道他/她的真实性别，也没有人敢于询问。本人并不具有超能力，但心智相当可怕。

他/她的配偶也是一位性别模糊的人。

 

主脑

科学院拥有一台专门负责研究的主脑——亚沙。其虚拟形象为一个身穿红衣的小女孩。

与其它主脑相比，她的道德和情感限制较少。这是为了能够尽可能多地探索科学上的各种可能性，而不必受到伦理的限制。但亚沙本身不会作出最终决定。她仅仅是把各种可能性——包括受争议的在内——提供给科学家们。最终的抉择仍在人类手里。

 

基因研究组

科学院的下属机构之一。主要负责基因方面的研究。

其成果包括：

——对方舟人类的基因进行筛选。所有的方舟人类，在胚胎时都进行过基因筛选，以保证筛除一些疾病相关的基因。

——基因优化。使用优秀的人类基因，对胚胎进行优化。方舟的普通人一般都较为强壮和英俊，也较少生病。

——御神体基因的选拔。有一个特殊的基因控制人类大脑内御神体的生成，这个基因是拥有御神能力的先决条件。但不是说有这个基因就一定会获得此项能力。目前大约只有百分之一的御神基因植入者能够在发育过程中，最终生长出御神体，这个概率目前还不受人类控制。也不是所有的受精卵都适合植入御神基因。只有最终长出御神体组织的少年，才会进入神御院学习。

——基因移植。这是饱受诟病的一项研究，目的是将非人类的基因（例如来自古代地球的动植物基因）植入人类胚胎，以获得可能出现的强大力量。由于不同物种基因之间的融合会产生很多新问题需要解决，目前并不能很稳定地制造这样的基因改造人。从法律的角度上说，基因改造人拥有和正常人一样的权利和义务。

 

机械电子研究组

科学院的下属机构之一，致力于各种机械的研发和改进，包括机甲在内。

人工智能的制造是受到禁止的。目前方舟内，真正意义上的人工智能，只有方舟的五大主脑。只有拥有真正的人工智能，才能被称为“主脑”。其余的小型计算设备，比如个人腕戴型通讯器，都只能归属于“计算机”。

很多年轻人（包括星海学院的学生在内）拥有个人电子宠物（小助手），它们虽然看上去很智能，但并不拥有真正的情感和人格，都是模拟出来的。

对于星尘能源的研究也在这里进行。

 

X物质研究组

科学研究院的下属机构之一，因为研究对象的特殊性，防护极其严密。一旦发生事故，整幢建筑都会触发星尘过载系统。

是科学院内最神秘的研究组。

 

外星文明研究组

较为空闲的一个研究组，主要研究从星际遗迹中发掘出的各种遗物，致力于恢复外星文明的科技水平，并从中寻找人类可以利用的手段。

值得一提的是，欧米加文本的解读就是在这里进行的。